赤水历史悠久，受巴蜀文化影响较深，是贵州开发较早地区。远在新石器时期，赤水地区已有人类活动。北宋大观三年（1109年），赤水正式建置，时属滋州仁怀县，县城在今赤水市复兴镇。北宋宣和三年（1121年），撤滋州，降仁怀县为堡，改隶泸州合江县。南宋端平二年（1235年），仁怀堡改属播州宣慰司管理。元朝末年，明玉珍在重庆建立“夏朝”，改仁怀、古磁等处为怀阳县。明朝初年，朱元璋灭夏，怀阳县废，其属归还播州宣慰使司管辖。明洪武十四年（1381年），设仁怀县，隶四川行省之遵义军民府。雍正六年（1728年），随遵义府改隶贵州。雍正九年（1731年），仁怀县城由留元坝迁生界（今仁怀市），原县城改由遵义府通判驻守管理。乾隆三年（1738年），经吏部议奏，拨仁怀县之仁怀、河西、土城三里归旧城通判管领，亦称遵义分府。乾隆十三年（1748年），改遵义分府为遵义厅，亦称仁怀厅。乾隆四十一年（1776年），改遵义厅为仁怀直隶厅，归贵州粮储道管理。光绪三十四年（1908年），设赤水厅，隶遵义府管辖。1914年，撤销赤水厅，建立赤水县。1929年，以共产党员梁业广为首的一批共产党员来到赤水活动，建立起贵州省最早的中国共产党组织——中共赤合特别支部。1935年1月，中国工农红军长征到达赤水，揭开“四渡赤水”战役的序幕。1949年12月1日，赤水解放。1965年11月，因行政区划调整，把土城、醒民、隆兴三个区划归习水，习水的长沙、官渡两个区划入赤水。1990年12月，撤销赤水县，建立赤水市。1997年6月，因撤遵义地区设遵义市，赤水市改为省直辖，后贵州省人民政府委托遵义市代管。